故事发生在宇宙世纪0093年，夏亚·阿兹纳布尔重新登场，成为被誉为“维护自由的复仇者”。地球联邦政府决定投入新型武器“Ξ（Kai）”对抗他。与此同时，地球反抗组织壮哉校成功制造出最后的机动战艇“白狼”，负责保卫无泪之地。高达穿越时间来到现代，其驾驶员卡米路加因意外变成了预言者。在逆境中，夏亚将与敌人和盟友展开一场恢弘的对决，并揭示真相以改变未来。