故事发生在九九年间，主人公小久因一次意外时间穿越到了古代的久九国。这个国家有着崇尚武力和忍术的文化。小久完全不适应这种环境，但与此同时他也发现自己拥有了超强的忍术天赋。小久努力学习忍者技能，成为了被人们称为“时空之子”的传奇存在。他帮助当时皇位纷争中操练天下智勇谋士起兵推翻邪恶势力，并最终回到现代世界，留下一个传说。