《黑暗圣经动画》讲述的是乌托邦世界被一个神秘组织掌控，人民无法自由思考与行动。一天，女主角阿莉亚偶然发现了一本隐藏在地下的黑暗圣经，书中记载着真相与解脱之道。她决心以此为武器，反抗组织并唤醒他人。她遭到追捕但从容不迫，并招募了强大盟友傲寒、智慧少年艾伦和忍者柳风等加入战斗。最后，在众人团结抵抗组织之际，揭露真相的黑暗圣经转变为光明启示录，带领所有人重获自由和希望。