故事发生在《灵能百分百》第一季结束后的数月。主人公波多野照美离开S市，前往T大学开始新的学习生活。然而，在新校园里，他再次面临各种超自然事件和心魔挑战。照美逐渐发现，原本平静的大学里充满了与超能力相关的秘密组织及诸多神秘人物，并意识到自己身上隐藏着更为强大的潜力。为追寻真相和保护校园中不幸被卷入事件的同学，照美以及他与“灵小助”友谊日益坚定的伙伴们展开冒险，揭露背后惊天阴谋。