远山苍星出现于东京湾上空，附近的大厦瞬间崩塌。柯南和FBI特工志摩室伏击了从天而降的暗杀者俵春树。然而，真正的阴谋才刚开始。一位神秘美女出现，声称掌握和解散组织"黑衣之组"有关的重要线索，并与柯南联手展开激烈战斗。在诡异的事件中，他们必须解答一个问题：真相隐藏在那座浮游城市背后吗？身处巨大危机之中，柯南将展开一场惊心动魄、穿越时空边缘的决战！